細田至温 (Shion Hosoda)

博士（工学）．専門はバイオインフォマティクス． 経験と学歴はLinkedIn参照． He has a Doctor of Engineering (Ph.D. in Engineering from Waseda University). His major is bioinformatics. His experience and education are shown in LinkedIn.

リンク / Links

• GitHub
• LinkedIn
• ORCiD
• ResearchGate

資料 / Materials

• ISMB/ECCB 2021 (Hosoda et al., 2021) (in English)
• 博士論文本審査 (Hosoda et al., 2020 & Hosoda et al., 2021) (in Japanese)
• Hosoda et al., 2022 (in Japanese)
• NGS EXPO 2024 招待講演資料 (in Japanese)

研究成果 / Achievements

論文発表(*は責任著者を示す) / Papers (* indicates a corresponding author)

プレプリント / Preprints

査読論文 / Peer-reviewed papers

• Kanami Yagimoto, Shion Hosoda, Miwa Sato, Michiaki Hamada*, “Prediction of antibiotic resistance mechanisms using a protein language model”, Bioinformatics 40.10 (2024): btae550. link

• Shion Hosoda*, Hisashi Iwata, Takuya Miura, Maiko Tanabe, Takashi Okada, Atsushi Mochizuki, Miwa Sato, “BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for predicting responses to enzyme perturbations in metabolic networks.”, BMC bioinformatics 25.1 (2024): 297. link

• Shion Hosoda*, Yuichiro Nishimoto, Yohsuke Yamauchi, Takuji Yamada, Michiaki Hamada*, “Probiotic responder identification in cross-over trials for constipation using a Bayesian statistical model considering lags between intake and effect periods”, Computational and Structural Biotechnology Journal 21 (2023): 5350-5357. link

• Shion Hosoda*, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, “Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model”, Bioinformatics 37.Supplement_1 (2021): i16-i24. link

• Hitoshi Iuchi*, Taro Matsutani, Keisuke Yamada, Natsuki Iwano, Shunsuke Sumi, Shion Hosoda, Shitao Zhao, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada*, “Representation learning applications in biological sequence analysis”, Computational and Structural Biotechnology Journal 19 (2021): 3198-3208. link

• Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada*, “Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation”, Microbiome 8.1 (2020): 1-12. link

学会発表(〇は発表者を示す) / Conference presentations (〇 indicates a presenter)

国際学会(口頭) / Oral presentations in international conferences

• 〇Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, “Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model”, ISMB/ECCB 2021, Virtual, July 2021.

国際学会(ポスター) / Poster presentations in international conferences

• 〇Shion Hosoda*, Hisashi Iwata, Takuya Miura, Maiko Tanabe, Takashi Okada, Atsushi Mochizuki, Miwa Sato, “BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for predicting responses to enzyme perturbations in metabolic networks.”, 1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference, Naha, Japan, October 2024

• 〇Shion Hosoda, Takashi Okada, Atsushi Mochizuki, Miwa Sato, “BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for chemical bioproduction”, ISMB/ECCB 2023, Lyon, France, July 2023

• 〇Shion Hosoda, Michiaki Hamada, “Estimation of microbe viability from human oral to gut”, ISMB/ECCB 2019, V-116, Basel, Switzerland, July 2019

• 〇Shion Hosoda, Michiaki Hamada, “A new model for predicting metagenomic functional profile from 16S rRNA gene amplicon sequencing data”, The 17th Asia Pacific Bioinformatics Conference, 167, Wuhan, China, January 2019.

• 〇Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, “Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation”, The 16th Asia Pacific Bioinformatics Conference, A16, Yokohama, Japan, January 2018.

国内学会(口頭) / Oral presentations in Japanese conferences

• 〇柳本香菜美, 細田至温, 佐藤美和, 浜田道昭, “タンパク質言語モデルを利用した抗生物質耐性メカニズムの予測”, 第143回MPS・第74回BIO合同研究発表会, 沖縄県国頭郡恩納村, 2023年7月.

• 〇Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, “Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model”, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催, 2021年9月.

• 〇細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, “環境の変動を考慮した確率モデルに基づく細菌間相互作用推定手法の開発”, 第4回 Tokyo Bioinformatics Meeting, オンライン開催, 2020年10月.

• 〇Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, “Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation”, 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020), オンライン開催, 2020年9月.

• 〇細田至温, 浜田道昭, “口内及び腸内細菌メタゲノムの確率モデリング”, 第123回MPS・第58回BIO合同研究発表会, 沖縄県国頭郡恩納村, 2019年6月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “階層ベイズモデルによるメタ16S菌種組成情報を用いたメタゲノム遺伝子プロファイル予測”, 生命科学系フロンティアミーティング2018, 静岡県三島市, 2018年10月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “LDAによる腸内細菌遺伝子の共起関係の推定 “, 第2回 Tokyo Bioinformatics Meeting, 1-3, 神奈川県日吉市, 2018年8月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “LDA によるヒト腸内細菌コミュニティの解明”, 生命情報科学若手の会第 9 回研究会, 愛知県蒲郡市, 2017年10月.;

国内学会(ポスター) / Poster presentations in Japanese conferences

• 〇柳本 香菜美, 細田 至温, 佐藤 美和, 浜田 道昭, “Prediction of antibiotic resistance genes using protein language models”，第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）, 千葉県柏市, 2023年9月.

• 〇Gentaro Yokoyama, Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, “隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定”, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 大阪府豊中市, 2022年9月

• 〇Kanami Yagimoto, Shion Hosoda, Michiaki Hamada, 遠位配列の相互作用を考慮した抗生物質耐性メカニズム分類手法の提案, 第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022), 大阪府豊中市, 2022年9月

• 〇横山 源太朗, 細田 至温, 福永 津嵩, 浜田 道昭, “隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定”, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催, 2021年9月.

• 〇Risa Maemura, Shion Hosoda, Michiaki Hamada, “LDAを使用した微生物-代謝物相互作用の推定”, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催, 2021年9月.

• 〇Kentaro Kawata, Shion Hosoda, Michiaki Hamada, Nobuyoshi Akimitsu, “ベイズ推定を用いた細胞内RNA分解速度の高精度な推定手法の開発”, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催, 2021年9月.

• 〇Shion Hosoda, Michiaki Hamada, “細菌叢データにおける系統樹に基づいた回帰のためのベイジアンモデルの提案”, 第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021), オンライン開催, 2021年9月.

• 〇横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭, “隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定”, 生命情報科学若手の会 第12回研究会, オンライン開催, 2020年8月.

• 〇細田至温, 浜田道昭, “MPPCAによるヒト腸内細菌叢の局所的低次元構造の推定”, 生命情報科学若手の会第 11 回研究会, 山梨県富士吉田市, 2019年11月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析 “, 第7回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2018), P-91, 山形県鶴岡市, 2018年9月.

• 〇Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada, “Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation”, 先進ゲノム支援 2018 年拡大班会議, 千葉県成田市, 2018年1月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “Latent Dirichlet Allocation を用いた腸内細菌叢のコミュニティ解析”, 第 20 回情報論的学習理論ワークショップ, D1-44, 東京都文京区, 2017年10月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析”, 環境微生物系学会合同大会 2017, P-120, 宮城県仙台市, 2017年8月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析”, NGS 現場の会第五回研究会, 6-9, 宮城県仙台市, 2017年5月.

• 〇細田至温, 西嶋傑, 福永津嵩, 服部正平, 浜田道昭, “トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析”, 第 11 回日本ゲノム微生物学会年会, 2P-44, 神奈川県藤沢市, 2017年3月.

• 〇Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, “16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation”, 第5回生命医薬情報学連合大会, 24, 東京都江東区, 2016年9月.

その他 / Others

セミナー / Seminars

• 細田至温, “階層ベイズモデルの紹介と腸内細菌叢データへの適用”, 筑波大学 医学医療系 バイオインフォマティクス研究室（尾崎研究室） 第三回公開セミナー, 茨城県つくば市, 2019月8月.

招待講演 / Invited talks

• 細田至温, “ベイズ統計モデルに基づく​微生物叢データ解析手法の開発”, NGS EXPO 2024 招待講演 4： データ利活用の促進, 大阪府大阪市, 2024月9月.

受賞歴 / Prizes

• 細田至温, 生命情報科学若手の会第 9 回研究会 若手奨励賞, 2017年 10月.

• Shion Hosoda, 1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference Best Poster Presentation Award (5 / 462 posters), October 2024.

学術コミュニティへの貢献 / Community involvement

査読 / Peer-review

• PLOS Computational Biology
• Scientific Reports
• Microbiome
• BMC Bioinformatics
• BMC Methods
• ISME Communications